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结直肠癌的发生既与细胞内部的基因改变有关,也受到肠道微生物影响。
KRAS是肠癌的重要驱动基因,其致癌突变能够持续推动细胞生长。不过,基因突变与菌群变化是两条并行的致癌路径,还是会相互影响,目前尚不清楚。
近日,由香港中文大学黄子隽和于君领衔的研究团队,在《细胞·宿主与微生物》发表一篇重要研究论文。
他们发现KRAS突变可促进产酸拟杆菌(Bacteroides acidifaciens)富集,而该菌通过表面蛋白增强宿主的致癌信号,选择性促进携带KRAS突变结直肠肿瘤的生长。香港中文大学的焦颖是论文的第一作者。
研究人员在分析患者肿瘤组织后发现,在138例结直肠癌样本中,KRAS突变组的拟杆菌属更为丰富。随后,研究人员在肠道特异性KRAS突变小鼠中追踪菌群,将候选菌锁定为产酸拟杆菌;在可诱导突变的小鼠中,激活突变后1个月,粪便中的产酸拟杆菌已明显增加。
另两个分别包含199例和27例患者的队列进一步证实,产酸拟杆菌在KRAS突变肿瘤中富集。公共数据库分析还显示,检出产酸拟杆菌与KRAS突变患者较差的生存相关。
要判断细菌是否参与推动肿瘤,研究人员使用两组成对癌细胞:每组均包含携带KRAS突变的细胞,以及去除相应突变等位基因的对照。产酸拟杆菌促进突变细胞增殖,却未在对照中表现出相同作用。巴氏灭活后的细菌仍有效,细菌培养上清却无效;阻断直接接触后,促增殖作用也消失了,提示细菌表面成分可能参与其中。此外,产酸拟杆菌还减少突变细胞凋亡,并促进KRAS突变小鼠肿瘤类器官及一株患者来源类器官的生长。
体内实验显示,补充产酸拟杆菌的KRAS突变小鼠出现更多肿瘤,肿瘤总重量增加,组织异型增生也更严重;野生型小鼠则未出现相同的促瘤效应。这说明该菌能够在特定基因背景和实验条件下促进肿瘤形成。
确认促瘤作用后,研究团队转向癌细胞内部寻找解释。基因表达分析提示,细菌主要在KRAS突变细胞中增强了RAS相关信号;进一步检测发现,活化状态的KRAS及其下游RAF-MEK-ERK信号均增加。
此前的接触依赖现象,为寻找信号起点提供了方向。显微观察显示,产酸拟杆菌容易附着于KRAS突变细胞;破坏细菌表面蛋白后,促增殖作用消失。通过蛋白筛选,研究人员找到细菌外膜蛋白SusF,随后用纯化蛋白实验确认,它能与宿主蛋白ARHGEF2直接结合。
值得注意的是,单独加入重组SusF,即可促进突变细胞生长并增强上述信号。敲除细菌的SusF编码基因后,其肠黏膜定植减少,也失去了在KRAS突变小鼠中额外促进肿瘤形成的能力。针对SusF的中和抗体则在细胞实验中阻断了促增殖和信号增强效应,不过论文尚未证明这种抗体能够治疗动物或患者的肿瘤。
最后,研究解释了SusF如何影响宿主蛋白。产酸拟杆菌或SusF处理后,ARHGEF2蛋白增加,其信使RNA却未相应上升。后续实验表明,SusF减少了ARHGEF2的泛素化及蛋白酶体降解,使这一蛋白更不容易被清除,进而增强KRAS相关信号。敲除癌细胞中的ARHGEF2编码基因,能够基本消除产酸拟杆菌及SusF的促生长作用。
总的来说,这项研究揭示了KRAS基因突变与肠道微生物群之间的协同演化机制,指出产酸拟杆菌是促进结直肠癌恶化的关键致病菌;还发现KRAS基因突变与产酸拟杆菌之间的相互作用,形成了一个正反馈信号环路,显著增强了肿瘤的恶性表型并导致患者预后不良。
此外,这个研究还深化了我们对宿主遗传学与微生物组交互作用的理解,以及为开发针对KRAS突变结直肠癌的新型治疗策略提供了重要靶点。