“南海I号”2007年被打捞出水,到了2013年底才正式启动全面发掘,但中间这6年,工作从未停止。2009年和2011年,考古人员进行了两次试发掘,重点探明这艘沉船的大体情况,比如被套在沉箱中间的船体是否有损坏,船舱和文物的分布如何,进而制定更加科学和全面的发掘方案。
沉船迁移至“水晶宫”,前6年一直浸泡在海水中。当时有人提出仍应该维持海水中提取的方法,穿上潜水设备在密封水区进行发掘。但“水晶宫”内水体很小,而且不流动,在水下发掘带起的泥沙无法短时间内消散,水体能见度很差,无法实现精细化发掘。多维考量后,最终采纳的方案是半干半湿的“饱水”发掘法,即放一点水发掘一定的深度。