北京大学医学部的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日，是中国政府依靠自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立医学校。
1903年，清朝政府在京师大学堂设立医学实业馆，1904年，医学实业馆改称医学馆，迁入北京和平门外八角琉璃井由兴胜寺庙宇改建的馆舍，1907年停办。1910年，此馆舍被施医总局（当时的卫生部门）买去，为日后创立国立北京医学专门学校提供了条件。

1911年，辛亥革命推翻了清王朝，建立了中华民国，在当时的中国知识分子向西方学习的风潮下，西医在中国的地位，有了明显的变化。一批从海外留学回来的医学教育家立志通过发展医学事业，增强人民的体质，以洗刷长期压在中国人头上的“东亚病夫”的耻辱。    1912年9月，中华民国教育部电召从日本留学归来正在筹建浙江省立医学专门学校的杭州人汤尔和到京，筹划创立医学校事宜。教育部以价银10，000两购买了已经停办的医学馆馆舍，划拨给国立北京医学专门学校使用，10月16日，中华民国教育部任命组织学教授汤尔和先生为北京医学专门学校校长，并于10月26日颁发校章。至此，中国第一所国立西医学校正式诞生。当时教职工9人，首批学生72人。汤尔和在开学典礼上以“促进社会文化，促进文明，减少人们痛苦，用学术来和列强竞争”，定位学校之办学目的。汤尔和在建校后当年，根据医学教育的需要，结合中国国情制定了中国的《解剖条例》，多次呈文教育部请求公布，于1913年11月获准公布，这是中国第一个解剖法令，是北京医学专门学校对中国医学教育的一大贡献，使中国的医学发展真正建立在科学的基础上。    1915年2月，学校诊察所正式开业。    1923年9月，国立北京医学专门学校奉命改建为国立北京医科大学校，并首次将医学生学制设为六年制。    1927年北京医科大学校与北京所有国立高等学校被改组，合并成立国立京师大学校，成为京师大学校的一个科，更名为国立京师大学校医科。同年，学校附设的诊察所扩充为学校附属医院。    1928年11月，京师大学校改组为国立北平大学，医科改为医学院，成为北平大学医学院。1929年，根据北平大学的《组织规程》，规定医学院以研究高深学术，培养医学专门人才为宗旨。    1931年，建立我国医学校中第一个法医教研室。    1937年抗日战争爆发后，国立北平大学西迁，部分医学院师生一同西迁。留在北京的医学院院务完全停顿，1938年1月，当时的教育部将原北京大学和北平大学合并办起“国立北京大学”，医学院为下设的六个学院之一。5月复课，并接收燕京大学和协和医学院师生继续学院的教学。    1945年12月北京各公立大学被统一编为“北平临时大学补习班”，北平大学医学院被编为“临时大学补习班第六分班”。    1946年7月，北京大学在北平复校。北平临时大学补习班第六分班连同附属医院一同并入北京大学，成为北京大学医学院。院长先后为解剖学教授马文昭先生、生理学教授沈钧淇先生和皮肤科学教授胡传揆先生。胡传揆教授同时任医学院附属医院（亦称北大医院）院长。从此，学校作为北京大学的一部分，开始了新的历程。
1952年，全国高等学校院系调整，北京大学医学院脱离北京大学，独立建院并更名为北京医学院，院长为胡传揆教授。直属中央卫生部领导，办学经费由中央财政部转中央卫生部拨付。北医校址迁至今日的北京市海淀区学院路38号，由此，医学院开始了较大的发展。
1959年北医被国家确定为全国十六所重点院校之一。    1984经国务院批准，在全国重点建设10所大学，北京医学院是唯一所医科学校，院长为医学教育专家马旭研究员。
1985年学校更名为北京医科大学，运动医学专家曲绵域教授任校长。
进入20世纪90年代中期，中国政府确立了教育发展改革纲要，明确提出“211工程”，即重点建设若干所大学，使之接近或达到或超过世界一流水平。1996年8月28日，北京医科大学正式通过了国家首批“211工程”建设项目的论证，再次成为中国政府重点支持的医科大学。从1991年至2000年4月，校长为血液病学专家王德炳教授。    2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任北京大学常务副校长并兼任医学部的主任。2003年，肿瘤分子生物学专家柯杨教授任北京大学医学部常务副主任至今。