南京985大学排名第一的是南京大学，排名第二的是东南大学，以下是具体排名情况，供大家参考。

1、南京大学

南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的综合性全国重点大学，是历史悠久、声誉卓著的百年名校。位列首批国家“双一流“世界一流大学A类建设高校、”211工程“、”985工程”，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”，是九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟和东亚研究型大学协会成员。

南京大学其学脉可追溯自孙吴永安元年（258年）的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学等历史时期，1949年由民国时期中国最高学府“国立中央大学”易名“国立南京大学”，1950年径称“南京大学”并沿用至今。1920年在中国国立高等学府中首开“女禁”，引领男女同校之风。最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国第一所以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体的现代大学，被国际上誉为“东方教育的中心”。

2、东南大学

东南大学（SoutheastUniversity），简称“东大”，位于江苏省会南京，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批双一流（A类）、211工程、985工程重点建设高校，入选2011计划、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家大学生创新性实验计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、教育部来华留学示范基地，卓越大学联盟、中俄工科大学联盟、中欧工程教育平台”、长三角高校合作联盟主要成员，国家国防科技工业局与教育部共建。

东南大学前身是创建于1902年的三江师范学堂。以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科，其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期；1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体，并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立了南京工学院；1988年5月，学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。