我们常常听说，女性的生育能力与年龄息息相关，存在一个所谓的“生物钟”。然而，随着社会变迁，男性生育年龄的推迟也日益普遍。

一个长期以来在遗传学和生殖医学领域中若隐若现的问题是：父亲的年龄，是否也存在一个“时钟”？

它不像女性那样以生育能力的终结为标志，而是以一种更隐蔽、更深刻的方式，悄然影响着子代的健康。

长久以来，流行病学研究已经观察到一个现象：高龄父亲的后代，患上某些散发性（sporadic）遗传疾病的风险似乎更高，例如侏儒症（Achondroplasia）、Apert综合征等。

这些疾病通常由单个基因的“新生突变”（de novo mutations, DNMs）引起，即这些突变在父母的生殖细胞（精子或卵子）中新近发生，而父母本身并未携带。

但这种现象背后的细胞和分子机制，如同一片被浓雾笼罩的森林，我们只知其存在，却难窥其全貌。

10月8日，《Nature》的研究报道 Sperm sequencing reveals extensive positive selection in the male germline ，为我们拨开这片迷雾，提供了前所未有的清晰视野。

研究团队利用测序技术，深入探索了男性生殖细胞在生命历程中的突变积累规律。他们的发现不仅证实了“父源年龄效应”（paternal age effect）的存在，更揭示了其背后一场惊人的、在微观世界中上演的“达尔文式”进化：一场发生在睾丸内部，以精原干细胞为主角的“自私”选择。

这不仅关乎每个家庭的生育决策，更触及了人类演化、遗传疾病和癌症起源的深刻命题。

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看见万分之一的罕见：技术如何点亮认知的“盲区”

要理解这项研究的突破性，我们先来看看它所面临的技术挑战。

人类的睾丸是一个高效的“细胞工厂”，每天能产生数以亿计的精子。这些精子来源于一个不断自我更新和分化的细胞群体，精原干细胞（spermatogonial stem cells, SSCs）。

在漫长的一生中，这些干细胞会不断分裂，每一次分裂都有可能引入新的基因突变。

想象一下，在一个拥有数百万个细胞的群体中，某个细胞偶然获得了一个突变。这个突变可能无关痛痒，也可能赋予了这个细胞微弱的生存或增殖优势。

在传统的DNA测序技术下，这个仅存在于百万分之一、甚至更低频率的突变，就像在人山人海的体育场里寻找一个特定的人，其信号会被背景“噪音”（测序错误）所淹没。

标准的二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术的错误率大约在千分之一到万分之一之间，这使得检测频率远低于此的真实突变变得极为困难。

为了跨越这道技术鸿沟，研究人员采用了一种名为 NanoSeq 的“双链测序”（duplex sequencing）技术。这项技术的巧妙之处在于，它为原始DNA分子的每一条单链都加上了独特的分子“条形码”（unique molecular identifier, UMI）。

在扩增和测序后，研究人员可以根据条形码，将源自同一原始DNA分子的两条互补链的所有测序读数（reads）重新组合在一起。

这个过程带来了革命性的改变。因为真正的突变会同时出现在源于同一原始分子的两条互补链上（例如，一条链上是A->G的改变，其互补链上必然是T->C的改变），而随机的测序错误或DNA损伤通常只发生在单条链上。

通过比对这两条链的信息，构建出一个“共识序列”，就可以将绝大多数的噪音过滤掉。这使得NanoSeq技术的错误率降低到了惊人的低于十亿分之五（<5 × 10⁻⁹）。

这种精确度，终于让研究人员有能力从数百万个细胞的混合样本中，精准地“钓”出那些极其罕见的突变细胞，为揭示精子中的突变图谱铺平了道路。

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两种命运的细胞：生殖细胞为何是“被庇护的少数”？

有了强大的工具，研究人员对来自57位年龄在24至75岁之间的健康男性的81份精子样本和119份配对的血液样本进行了全基因组测序。

血液和精子，分别代表了我们身体的体细胞（somatic cells）和生殖细胞（germline cells），对它们的直接比较，引出了一个发人深省的发现。

数据显示，随着年龄的增长，突变在这两种细胞谱系中的积累速度呈现出巨大差异。

在精子中，研究人员发现，每年每个单倍体基因组（haploid genome）大约会积累 1.67个 新的单核苷酸突变（substitutions）。

这个数字与之前通过分析家庭遗传谱系中新生突变的研究结果高度一致，证实了他们方法的准确性。

然而，在血液细胞中，这个数字飙升至每年每个二倍体基因组（diploid genome）19.9个。为了公平比较，如果我们将血液的突变率换算成单倍体基因组的年增长率，可以发现血液细胞的突变积累速度大约是精子细胞的 7.6倍。对于小的插入和缺失（indels），这种差异同样存在，血液细胞的积累速度是精子的6.3倍。

这引出了第一个值得思考的问题：为什么同样在一个身体里，生殖细胞的遗传物质似乎受到了更好的保护？

研究人员通过分析突变的“指纹”，即突变特征（mutational signatures），找到了部分线索。在精子和血液中，他们都发现了两种与衰老相关的、如同“时钟”一样滴答作响的突变特征（SBS1和SBS5）。

然而，在血液中，还额外存在一个显著的突变特征SBS19，它与造血干细胞中持续存在的DNA损伤有关。

尽管如此，这几种突变特征的差异并不足以完全解释两者之间近8倍的突变率鸿沟。

更合理的解释是，精原干细胞所处的睾丸“微环境”（microenvironment）可能提供了一种特殊的保护机制，使其免受许多体细胞所面临的突变压力，从而确保了传递给下一代的遗传信息的相对保真度。

生殖细胞系，作为连接代际的桥梁，其稳定性是物种延续的基石。这种“被庇护”的状态，体现了生命演化中一种深刻的权衡。

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睾丸中的“饥饿游戏”：自私基因的胜利

尽管生殖细胞的总体突变率很低，但这并不意味着它是一片宁静之地。恰恰相反，这项研究最核心的发现是，在这片“被庇护”的土地上，正上演着一场异常激烈的细胞间竞争。

研究人员将目光聚焦于基因组中负责编码蛋白质的外显子（exome）区域。他们使用了一种名为 dN/dS 的比率来衡量选择压力。

这里的“dN”指的是非同义突变（nonsynonymous mutations）的速率，这类突变会改变蛋白质的氨基酸序列；“dS”则指同义突变（synonymous mutations）的速率，它们虽然改变了DNA序列，但编码的氨基酸不变，通常被认为是“中性”的（neutral），不受自然选择的影响。

因此，dN/dS比率就成了一个关键指标：如果 dN/dS > 1，则意味着非同义突变被“偏爱”和保留了下来，这便是“阳性选择”（positive selection）的明确信号。

当研究人员计算了所有精子样本中外显子区域的dN/dS值时，他们得到了一个关键数字：1.07（95%CI 为1.04-1.10）。这个看似微小地高于1的数值，却有着深刻的生物学意义。

它表明，在所有发生的非同义突变中，大约有 6.5% 赋予了携带它们的精原干细胞一种“克隆优势”（clonal advantage），使其在与其他干细胞的竞争中胜出，能够产生更多的后代细胞。

更有趣的是，这种阳性选择的强度与年龄密切相关。当研究人员将样本按年龄分为三组时，发现：在年轻组（26-42岁），dN/dS比率为 1.01，接近中性；在中年组（43-58岁），dN/dS比率上升至 1.03；而在年长组（59-74岁），dN/dS比率显著增至 1.09。

这个清晰的年龄梯度证明了，随着时间的推移，这场细胞层面的“生存之战”愈演愈烈。年长的睾丸，就像一片经历了长期竞争的森林，那些生长得更快、更强的“树”（携带驱动突变的精原干细胞）占据了越来越多的空间。

研究人员甚至将这场竞争定位到了具体的细胞阶段。通过分析不同精子发生（spermatogenesis）阶段基因表达的数据，他们发现，dN/dS比率最高的基因，恰恰是那些在分化的精原干细胞中高度表达的基因（dN/dS = 1.11）。

相比之下，在精子发生的后期阶段，如拉长的精细胞（elongating spermatids）中特异性表达的基因，其dN/dS比率则回落到接近中性的1.01。

这指出，这场“自私”的选择，主要发生在精子发生的早期源头——干细胞群体中。

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驱动者名单大扩容：不只是“油门”，还有“失灵的刹车”

那么，究竟是哪些基因的突变在驱动这场“细胞内卷”呢？

此前的研究已经发现了13个基因，它们的特定“热点”激活型错义突变（activating missense hotspot mutations）会导致精原干细胞的自私性扩张。

这些基因大多与RAS-MAPK信号通路有关，这条通路就像细胞生长和增殖的“油门”。

该研究不仅验证了这13个基因中的9个，还带来了一个爆炸性的发现：他们新鉴定出了 31个 受到显著阳性选择的基因。

这个发现，将我们对男性生殖细胞中自私选择的认知，从一条狭窄的小径，扩展到了一个广阔的网络。

更重要的是，新发现的驱动机制远比想象中复杂。

过去我们认为，只有踩下“油门”（激活致癌通路）的突变才能获得优势。但新的证据表明，“刹车失灵”同样可以。

在新发现的31个基因中，有30个基因富集的是功能丧失型（loss-of-function, LOF）突变，例如无义突变、剪接位点突变和移码突变。

这些突变相当于破坏了细胞内某些关键的“刹车”或调控蛋白，同样导致了细胞的失控性增殖。

这些新基因涉及的细胞通路也更加多样化，包括 WNT信号通路（如 CSNK2B）、TGF-β信号通路（如 SMAD6, BMPR2）、表观遗传修饰（如 KDM5B, KMT2E）和 RNA代谢（如 DDX3X, DHX9）。

这幅全新的“驱动基因图谱”告诉我们，男性生殖细胞中的阳性选择，并非少数几个基因的专利，而是一个涉及多种核心细胞调控通路的普遍现象。

它与癌症发生中的驱动机制惊人地相似，都遵循着细胞进化的基本法则：任何能带来增殖优势的突变，都可能被选择。

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从细胞优势到临床风险：量化父亲年龄的“遗传代价”

这些在睾丸微观世界里发生的细胞竞争，最终会如何影响现实世界中下一代的健康？这是研究试图回答的核心问题。

研究人员整合了来自大型临床数据库（如ClinVar和DDD）的致病突变信息，评估了精子中携带潜在致病突变的比例。

结果令人震惊：阳性选择过程，将导致精子中已知致病突变的风险增加2到3倍。

具体来看，这种风险随着父亲年龄的增长而线性上升：对于一位30岁的男性，其精子中携带可能导致单基因遗传病的突变的比例约为 2.0%，而如果没有阳性选择，这个比例预计只有0.73%。而对于一位70岁的男性，这个比例则攀升至 4.5%（95%置信区间为3.9%-5.2%），而理论预期值仅为1.6%。

这意味着，在中老年男性中，每100个精子中，就有大约3到5个携带一个明确的、可能导致后代患上严重发育障碍或癌症易感综合征的突变。

这里需要澄清一个重要的细节：这种风险的增加，并非由少数几个“超级突变克隆”主导，而是由大量不同种类的低频突变累加而成。

研究发现，在每个个体的外显子组样本中，平均检测到 18.3个 不同的致病或驱动突变。并且，在所有检测到的这类突变中，99.4%都只在单个个体的样本中出现。

这描绘了一幅“积少成多”的景象：无数个微小的“自私”克隆在睾丸中扩张，共同推高了后代的整体遗传风险。

这种风险的根源，在于生殖细胞选择、癌症和发育障碍三者之间深刻的重叠。

研究发现，在癌症中常见的热点突变，在精子中的出现频率比预期高出 11倍；而在导致儿童严重发育障碍的基因热点上，这种富集程度更是高达 66倍。

这说明，驱动细胞在睾丸中“自私”扩张的，驱动肿瘤细胞恶性增殖的，以及导致新生儿发育异常的，往往是同一批基因、同一类突变。

它们在不同的生命阶段和组织环境中，扮演着不同的“破坏者”角色。

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生命的两道“滤网”：个体选择与群体演化的博弈

这项研究还为我们提供了一个超越个体、审视物种演化的宏大视角。它揭示了生命中存在的两道关键“滤网”。

第一道滤网，发生在个体内，是一道“阳性选择”的滤网，作用是“放大”那些能促进自身增殖的“自私”突变。

第二道滤网，则发生在代际间，是一道“纯化选择”的滤网，作用是“净化”群体中对生存和繁殖不利的有害突变。

研究人员巧妙地通过比较不同来源的数据，清晰地展示了这两道滤网的作用：在精子中（个体内选择），dN/dS > 1.0；在健康新生儿的“新生突变”中，dN/dS ≈ 1.0 (0.98)；在患有发育障碍的儿童的“新生突变”中，dN/dS > 1.0 (1.36)；而在人类群体基因数据库（gnomAD）中，随着等位基因频率的升高，dN/dS比率持续下降，在常见变异中远小于1。这一系列数据的对比，描绘了一场壮阔的演化博弈。

个体内上演着“自私”的扩张，而群体则通过代际传递进行着无情的“净化”。

更有趣的是，研究人员发现了四个基因（SMAD6, MIB1, LZTR1, SSX1），它们在群体中的功能丧失型突变数量远超预期，似乎逃脱了纯化选择的“净化”。

这项研究给出了一个极具启发性的解释：可能正是因为这些基因在男性生殖细胞中受到了极强的阳性选择，导致它们产生的有害突变“输入”群体的速率非常高，以至于群体的纯化选择“滤网”还来不及将它们完全清除。

这为我们理解某些遗传病为何能在群体中维持一定的发生率，提供了全新的思路。

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遗传的遗产：重新审视父亲的年龄与后代的蓝图

这项里程碑式的研究，不仅用坚实的数据和巧妙的分析，深刻揭示了“父源年龄效应”背后的细胞和分子机制，也给我们带来了多维度的启示。

首先，它重塑了我们对男性生殖健康的认知。

男性的生育“时钟”确实存在，它不以数量的终结为标志，而是以质量的风险累积为代价。随着年龄增长，睾丸内部这场由“自私”突变驱动的细胞竞争，使得携带致病基因的精子比例系统性地增加。

3-5%这个数字，虽然对于个体来说，产生患病后代的绝对风险仍然不高，但它明确地量化了这种风险的增长，为遗传咨询和家庭生育决策提供了重要的科学依据。

其次，这项研究模糊了体细胞突变与生殖细胞突变、癌症与遗传病之间的传统界限。

我们看到，驱动细胞进化的基本法则在身体的不同角落以相似的方式运作。

一个在皮肤中可能导致良性痣，在肠道中可能演变成息肉，在睾丸中则可能成为“自私”克隆的突变，如果它有幸通过生殖细胞传递给下一代，就可能成为一种先天性遗传病的根源。这种“一体两面”的视角，加深了我们对疾病本质的理解。

最后，该研究让我们得以在生命最基础的层面，观察到那些曾经被认为是随机和偶然的事件背后，隐藏着深刻的确定性法则：竞争、选择与演化。

当然，生命的故事总是充满了未知。

我们还不完全清楚，这些携带突变的精子，其受精能力、以及在胚胎早期发育中的命运是否会受到影响。我们也需要更大规模、更多样化人群的研究，来验证这些发现的普适性。

但无论如何，这扇通往理解男性生殖系衰老和遗传风险的新大门已经被打开。

它提醒我们，每一个生命都是一段漫长遗传史的延续。

我们从父母那里继承的，不仅是那一套静态的基因组蓝图，更是一份动态的、记录了他们一生细胞竞争史的“遗传遗产”。

而父亲的年龄，正是在这份遗产上，刻下的一道虽无形却深刻的印记。

本文转载自公众号“游离的DNA””生物探索”

参考资料：

Neville MDC, Lawson ARJ, Sanghvi R, Abascal F, Pham MH, Cagan A, Nicola PA, Bayzetinova T, Baez-Ortega A, Roberts K, Lensing SV, Widaa S, Alcantara RE, García MP, Wadge S, Stratton MR, Campbell PJ, Small K, Martincorena I, Hurles ME, Rahbari R. Sperm sequencing reveals extensive positive selection in the male germline. Nature. 2025 Oct 8. doi: 10.1038/s41586-025-09448-3. Epub ahead of print. PMID: 41062690.