借助清廷的力量报复达瓦齐的阿睦尔撒纳，一直是个颇具争议的历史人物。同情者把他比作准噶尔的“哈姆雷特”，反对者把他比作明末清初的吴三桂。但无可否认的是，此人确实具备一定的胆识和才略。

清军进入伊犁后，乾隆认为大势已定，为了节省经费开支，1755年六月乾隆皇帝下诏撤回大军，只命定北将军班第等 500 名官兵留守伊犁负责善后。

对于新征服的天山北路，乾隆皇帝仿效对外喀尔喀三部的做法，将准噶尔疆域一分为四，封车凌为杜尔伯特汗、阿睦尔撒纳为辉特汗、班珠尔为和硕特汗、噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，“赏功策勋，用奖劳绩”。

同时，着手准备在新征服的地区推行盟旗制度，改游牧为驻牧。这一结果和阿睦尔撒纳最初的图谋背道而驰。阿睦尔撒纳卖身投靠清朝，引清军进攻自己的母国并不是为了双亲王的爵位和双倍的俸禄，而是要借清军的手除掉政敌达瓦齐，实现自己一统准噶尔的政治野心。

为了达到这一目的，阿睦尔撒纳在率军进军伊犁之前就做了大量的工作，拉拢和硕特贵族纳噶察等人大造舆论：“(除掉达瓦齐)事成之后，乾隆皇帝就会封阿睦尔撒纳为汗，带领哈萨克阿布赉汗等瞻仰，令与阿睦尔撒纳连界居住，从此当愈加和好。”

进军伊犁途中，阿睦尔撒纳从不穿戴清朝的甲胄官服，也不使用乾隆颁给他的定边左副将军印信，造成一种自己并没有投降清廷的假象，以收买人心。

清朝大军撤走后，阿睦尔撒纳更加明目张胆，派纳噶察率军到天山南路的叶尔羌等处散布谣言，声称：“若不立阿睦尔撒纳为汗，边不得安。”

对于乾隆皇帝安插在自己身边的耳目——额附科尔沁亲王色布腾巴尔珠尔，阿睦尔撒纳极尽拉拢，将色布腾巴尔珠尔哄得服服帖帖，并成功挑拨了色布腾巴尔珠尔和班第的关系。

除此之外，阿睦尔撒纳还阴谋娶达什达瓦的遗孀为妻，以便趁机兼并达什达瓦的部众。但他遭到达什达瓦遗媚的拒绝，外加班第的干预，这才让阿睦尔撒纳的如意算盘落空。

1755年6月，定北将军班第将阿睦尔撒纳上述所作所为上书密奏乾隆。乾隆皇帝粗略地看完密折后，只认为阿睦尔撒纳的作风是“希图微幸，贪得牲只什物耳，并无图占准噶尔确据”。

后来，他多次翻看班第的这封密奏，发现内有陈述阿睦尔撒纳启用准噶尔珲台吉的菊型篆印发布命令文书，以防守哈萨克、布鲁特边境为名私自调动部队9000人扼守要地等情状，才察觉出阿睦尔撒纳的叛迹。

1755年6月底至7月初，乾隆皇帝先是下诏阿睦尔撒纳随同哈萨克的贡使入觐承德，令喀尔喀土谢图汗部的亲王额林沁多尔济沿途护送，使其脱离部众。

后又密谕班第，如果阿睦尔撒纳接诏后并未立即启程入觐，就安排人手将其密行擒拿，就地处决。但班第碍于手下兵少而不敢动手。

7月初十，阿睦尔撒纳在圣旨的再三催促下奉诏朝觐，乾隆皇帝又密谕定边右副将军萨喇尔和鄂容安等“率师至塔尔巴哈台相机捕治”。

没想到，这些机密事宜居然被和阿睦尔撒纳私交甚好的额林沁多尔济泄露了出去。经过一番犹豫之后，预感到前路凶险的阿睦尔撒纳开始故意迁延行程，伺机派出亲信去纠集自己的人马准备造反。

1755年8月19日，阿睦尔撒纳一行到达离扎布汗河不远的乌隆古河。当夜，阿睦尔撒纳设宴请额林沁多尔济。酒过三巡后，阿睦尔撒纳忽然对他说：“阿某非不臣，但中国寡信，今入其境，如驱牛羊入市，大丈夫当自立事业，安肯延颈待戮？”

醉眼惺忪的额林沁多尔济，眼睁睁看着阿睦尔撒纳将定边左副将军印扔到地上后，率领亲信扬长而去。很快，阿睦尔撒纳在塔尔巴哈台纠集起两千人马；卫拉特四部中对清廷推行盟旗制度甚为不满的和硕特汗班珠尔等纷纷趁势作乱，劫掠清军在天山北路各处的军台站，哄抢物资。

9月，伊犁的清军留守部队因势单力孤，被阿睦尔撒纳围困，只能突围东返，班第和鄂容安在转战中兵败先后自尽，萨喇尔被俘。不过，阿睦尔撒纳也未能号令卫拉特四部，天山北路又重新陷入战火之中。

当时，清朝定西将军永常与六千军士驻扎于木垒，面对突如其来的变乱却惊慌失措，不仅没有率部西进解救班第等被陷友军，反而率军向东撤退到巴里坤湖驻扎，将巴里坤以西的控制权拱手让了出去。

天山北路的剧变令乾隆皇帝颜面扫地，“荡平准噶尔”这个令他引以为豪的武功不出一年就这样化为乌有。恼怒的乾隆皇帝迅速采取行动。

九月，乾隆下旨重新分封卫拉特四部汗王，以噶勒藏多尔济为绰罗斯汗、车凌为杜尔伯特汗、沙克都尔曼济为和硕特汗、巴雅尔为辉特汗。其余没有随同阿睦尔撒纳反叛的卫拉特贵族分别受封札萨克台吉、内大臣等官爵。

11月，不堪战乱的达什达瓦部众在达什达瓦遗孀的率领下举部东迁，乾隆皇帝又对该部妥善安置，大事封赏达什达瓦部的贵族。

这些举措在一定程度上起到了孤立阿睦尔撒纳的作用，卫拉特四部的贵族们为了各自的利益，都依附到清朝一边。在这种有利条件下，1755年年底，乾隆皇帝筹划第二次远征伊犁。

乾隆撒换了胆怯的永常，而以策楞为定西将军、达尔党阿为定边左副将军、扎拉丰阿为定边右副将军，组建远征军。1756年2月，清军经数月准备，兵分两路开始进击伊犁。

西路军由策楞、玉保统率，北路军由哈达哈等人统率。面对清军大军压境，阿睦尔撒纳没有能力组织部众抵抗，就再次耍起了花招，让属下台吉诺尔布遣使向清军谎称已经抓住了阿睦尔撒纳。

其时,清军西路军正高歌猛进，并于3月再次攻占伊犁，倘若继续穷追猛打，未尝不能全歼阿睦尔撒纳余党。可惜紧要关头西路军主帅策楞和玉保竟然中了阿睦尔撒纳的缓兵之计，命令部队停止追杀，坐等诺尔布献俘，阿睦尔撒纳得以窜逃到哈萨克中玉兹阿布赉汗处，苟延残喘。

乾隆皇帝闻报大怒，立即将策楞和玉保撤职，令其戴罪立功。他还改命达尔党阿为定西将军统辖西路军，并且升北路军主帅哈达哈为定边左副将军，原协理北路军军务的满洲正黄旗副都统兆惠为定边右副将军，继续征讨阿睦尔撒纳余部。

1756年5月至6月，清军主力攻入哈萨克草原，阿睦尔撒纳屡战屡败。为了改变被动挨打的局面，他派遣使者前往喀尔喀蒙古，联络自己的故交——喀尔喀札萨克图汗部和托辉特郡王青衮杂卜，希望他能在漠北进行破坏活动，以影响清军的军事行动。

恰逢1756年4月乾隆皇帝将“疏纵阿逆”的额林沁多尔济赐死，而后又以此事晓谕喀尔喀各部，让他们好自为之。不料此举令喀尔喀蒙古各部大哗。

清朝与喀尔喀各部的君臣关系，是建立在对付准噶尔这个大敌的基础之上的。雍正后期开始，清朝北路对准噶尔用兵就不得不倚重喀尔喀各部武装，策凌等一批喀尔喀军功贵族在对准战争中纷纷崛起。

喀尔喀各部王公们的继续坐大是否将对清朝统治漠北构成威胁，这一直是乾隆皇帝颇为担心的事情。敏感的皇帝甚至产生了喀尔喀会与准噶尔勾连作乱的主观臆想，所以他一直在找机会向喀尔喀蒙古人敲警钟。

额林沁多尔济因疏忽大意让阿睦尔撒纳走脱，让乾隆皇帝认为自己所推测的“准喀勾连”确凿无疑，于是迅速采取了行动。

但他没有像父亲雍正皇帝那样，通过拆分喀尔喀原本社会组织的方式来达到削弱各部的目的，仅仅是武断地将犯事的额林沁多尔济处死了事。他以为用这种直截了当的方式可以震慑住漠北那帮王公贵族，结果却适得其反。

在喀尔喀蒙古人看来，现在准噶尔汗国已经灭亡，余孽未平之际，清朝就敢对有黄金家族高贵血统的喀尔喀王公痛下杀手，显然是个危险的信号。

喀尔喀各部贵族们认为：清朝随意处死额林沁多尔济这样尊贵的亲王完全是在羞辱成吉思汗的后裔们。加之清朝通过在漠北驻军、设军台站的方式一直在逐步加强对喀尔喀各部的控制，一定程度上使喀尔喀贵族们的利益受到了损害，种种因素的催化作用令许多喀尔喀贵族开始对清朝心生不满。

青衮杂卜抓住了这一机会。1756年5月，青衮杂卜以官方名义书写撤兵檄文，命令辖境内为清朝戍守驿站军台的蒙古兵士离职罢工，随后又积极派人游说喀尔喀各部王公反清。就连隔岸观火的俄国人也想借这个机会吞并喀尔喀蒙古。

1757年7月，已经秘密和沙俄西伯利亚总督接触的喀尔喀车臣汗部在克鲁伦河举行秘密会盟，商讨归附俄国的相关计划，土谢图汗部和札萨克图汗部也参与进来，一场严重的边境危机即将爆发。

幸亏超勇亲王策凌一脉的赛音诺颜部、和硕智勇亲王丹津多尔济一脉的土谢图汗部右旗始终坚定地站在清朝一边。因罪被免职的策凌之子、前乌里雅苏台将军成衮扎布向清廷进言献策，认为平息眼前危机的办法就是除掉青衮杂卜这个祸根。

于是，清朝恢复了成衮扎布的乌里雅苏台将军一职，命他率军八千到乌梁海追剿青衮杂卜。而后，清廷又派遣章嘉三世活佛和内蒙古各旗王公组成僧俗代表团前往漠北抚慰喀尔喀各部。

在多方努力下，这次边境危机终于平息了下去。青衮杂卜被俘后，即被押往北京处斩。他所煽动起来的这场风波，使清朝中央和正在哈萨克作战的清军部队失去联系达数个月。等到漠北安定、交通要道恢复时，西部对阿睦尔撒纳的战事已经起了变化。

清军屡次大张旗鼓讨伐阿睦尔撒纳均不成功，使准噶尔各部落对清朝产生了轻视之心。1756年12月，受乾隆皇帝册封的绰罗斯汗噶勒藏多尔济、辉特汗巴雅尔等人，因在清朝推行盟旗制度的过程中利益受损而举兵反叛，攻陷重镇乌鲁木齐。

驻扎伊梨的定边右副将军兆惠为了避免被全歼，遂率少量清兵东撤，结果在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌所部围困，兆惠夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐郊外。

兆惠得知乌鲁木齐已经失陷后，又继续向东撤退，途中遇到了内大臣雅尔哈善派出的800人援军。1757年2月，兆惠所部退回巴里坤。

阿睦尔撒纳趁机率部众回到准噶尔，与噶勒藏多尔济、巴雅尔等人举行会盟，大有一举恢复准噶尔汗国的声势。但是好景不长，1757年3月，乾隆皇帝命成衮扎布和兆惠起兵4.5万人，兵分两路西进讨伐阿睦尔撒纳。

此时,正逢阿睦尔撒纳与其恩主哈萨克中玉兹阿布赉汗因划界纠纷而相争，阿布赉汗遣使北京表示归顺清朝，和清军相约协同作战对付阿睦尔撒纳。

受到清朝和哈萨克联军攻击的阿睦尔撒纳不能支撑。7月，阿睦尔撒纳所部再次被清军彻底击溃，其同伴噶勒藏多尔济被杀，巴雅尔被清军骁骑营马甲海兰察抓获。

兵败的阿睦尔撒纳率领残部20人慌不择路地逃入哈萨克中玉兹牧地，后又北逃到俄国，躲在托博尔斯克城堡。这时他身边只剩下妻子贝姬和儿子邦杜克等8人。

18世纪40年代后期开始，准噶尔内乱迭起，前后有4000名准噶尔牧民越界逃亡俄国境内。俄国边境的官员对此来者不拒，此次阿睦尔撒纳前来寻求庇护更是让俄国人觉得找到了一颗极有利用价值的棋子。

但是俄国人高兴得太早了，1757年8月，阿睦尔撒纳因为天花病死于托博尔斯克，享年35岁，结束了他充满争议的一生。

自从阿睦尔撒纳逃到俄国，清廷就没有停止过促使俄国引渡阿睦尔撒纳的努力。1757年9月，清朝理藩院去信沙俄的外事委员会，要求引渡包括阿睦尔撒纳在内的准噶尔逃犯。

1758年年初，俄方回复称阿睦尔撒纳已死，清方可以派遣官员到俄国验看阿睦尔撒纳的尸首，但拒绝将阿睦尔撒纳的遗体交给清朝。直到1764年，俄方仍然收到清朝理藩院要求交还阿睦尔撒纳的遗体的信件……

遥想当年，带领卫拉特人开始走上历史舞台的忽都合别乞出身辉特氏；如今，让卫拉特最强部族准噶尔政权彻底灭亡的阿睦尔撒纳，也是辉特氏族中人，只能说，历史总是会给我们上演一出又一出耐人寻味的大戏。

阿睦尔撒纳撒手人寰于异国他乡，以他为代表的部分准噶尔汗国上层人物的复国迷梦就此化为泡影。末代准噶尔珲台吉达瓦齐，下场则比阿睦尔撒纳好得多。

达瓦齐被押送到北京后，受到乾隆皇帝的特赦，不仅被封为亲王，还娶了康熙皇帝第三子允祉的孙女，在北京城里做起了寓公。

1758年正月，乾隆通过兆惠的奏报确认了阿睦尔撒纳的死讯后，宣谕中外：“准噶尔全部平定。”东亚内陆两大强权为时近七十年的争斗终于尘埃落定。

准噶尔汗国昔日的疆域被瓜分，额尔齐斯河上游亚梅什湖一带早已被俄国实际占领；曾经几度成为准噶尔汗国附庸的哈萨克各部已恢复独立。

以伊犁河流域为中心的天山北路准噶尔汗国本部故土、天山南路各回部城邦及唐努乌梁海、科布多等地均为清朝所有，其中，唐努乌梁海和科布多都被并入乌里雅苏台将军辖区。至于天山南路，清朝要彻底征服这一地区还需要再过几年的时间。

“准噶尔”作为一个游牧部落政权的称谓至此结束，只剩下“准噶尔盆地”的地理名称。即使遭遇了兵祸、天灾、瘟疫，仍然有相当部分的准噶尔遗民活了下来，只是他们原有的社会结构和单位已经不复存在。

如同其他历史时期的游牧政权一样，准噶尔以其强悍的军事力量，一度横行于中亚和东亚北部的草原地带，对周边的定居文明产生了极大的威胁。

即使是同样以强悍军力起家的清，也用了数十年的时间，耗费无数人力物力，在付出了巨大的代价后，才趁着准噶尔内乱之机将其攻灭，赢得最后的胜利。

从巴图尔珲台吉开始，历代的准噶尔统治者都对政权建设颇为上心，试图改变准噶尔游牧汗国的面貌，但是他们的尝试并不成功。

长期的游牧生活对准噶尔上层贵族的影响是不可忽视的，这些影响在准噶尔每次权力交接中表现得最为明显。从噶尔丹以后的几位准噶尔统治者，几乎都不是正常接班，或者接班后很短的时间内要把精力放在清洗前朝贵族的内部斗争中。

对于中亚哈萨克等地区，准噶尔的统治者们没有建立起一套严密的行政管理制度，只满足于在这些被征服的地区收取贡赋而已。

松散的控制力，使得每次准噶尔汗庭权力交接之际，中亚的部族都会趁机作乱谋求独立。几乎每位新上任的准噶尔领导人都要对中亚地区进行讨伐。

频繁内斗和屡次在附属部族身上建立显赫武功的背后，折射出的是传统游牧汗国内部的不稳定性和管理体制的巨大缺陷。

反观清朝，则没有这方面的问题。作为中国历史上最后的封建王朝，中央集权和君主专制在清朝达到了巅峰，成熟的政体使得清朝即使相对有作为的皇帝驾崩后，只要继任者并不十分昏暴，整个国家依然可以正常运转，社会依旧可以保持稳定。

众多的人口和雄厚的经济实力也是清朝得以最终征服准噶尔的有利凭借。清朝与准噶尔的交战记录中，有和通泊这样的大败惨败，更有额伦特全军覆没的巨大污点，折损的官兵每每成千上万，但清朝经受得起这样的损失，准噶尔却不能。

即便是在准噶尔汗国国力达到巅峰的噶尔丹策零时代，准军在漠北、哈密两个方向都取得了对清军作战的重大胜利，但额尔德尼昭（光显寺）一战损失万把人就把准噶尔打回原形，十余年都未能完全恢复元气。

可以说，准噶尔败给清朝，是两者综合国力各方面的巨大差距所导致的结果，非战之罪也。