新中国成立之后，贺诚担任了中央人民政府卫生部副部长和军委卫生部长。1953年初，中央军委决定在军委卫生部设立政治部，并调任《八一》杂志社社长白学光担任政治部主任。白学光上任后，走访了一些军委卫生部直属单位，发现了一些不良现象，比如浪费、医疗事故、以及工作人员心态不安等。于是，他撰写了一份批评报告，指出卫生部领导不关心实际工作，只是忙于行政事务，对下属单位和卫生业务缺乏指导，甚至完全没有指导。 尽管军委卫生部的确存在一些问题，白学光却过于夸大其词，将一些普通问题描述得过于严重，导致这份报告严重失实。毛泽东历来痛恨官僚主义，看到这份报告后愤怒不已，作出批示： 从白学光的报告来看，军委卫生部无领导、无政治，专门吃饭、做官、当老爷……

面对批评，贺诚主动承担了军委卫生部的所有责任，并写下了真诚的检讨，表示自己在胜利形势下急于求成，未能充分考虑主观力量和客观需求的结合。1953年7月，中央军委决定免除贺诚军委卫生部长的职务。 接下来的十多年里，贺诚多次受到批判。1970年，林彪的一号命令将贺诚送到了太原市北郊的总后干休所，在那里他经历了种种艰苦的生活。 九一三事件后，党内的很多冤案得到了平反，但贺诚却一直没有得到平反的消息。直到1972年6月28日，贺诚终于鼓起勇气，给毛泽东写了一封信。在信中，贺诚回顾了自己几十年的经历，逐一驳斥了自己身上的种种罪名。信的最后，他写道：

主席，我写这封信的心情是沉重而又激动的。但我对前途的展望是乐观的。我相信，我的未来会在工作岗位上度过，而不是死在太原北郊的总后干休所。 第二天，毛泽东看完贺诚的信后，立即作出批示： 贺诚同志来信，请中央处理。我意应予工作。

很快，贺诚从山西回到了北京，虽然总后为他安排了住房，但他的工作问题依然没有得到解决。 直到1975年春节，贺诚的女儿贺礼荣决定为父亲争取工作机会，她给邓小平写了一封信，希望能为贺诚安排工作。写信后，贺礼荣和丈夫犹豫不决，担心在当时的政治环境下，这封信可能会带来灾难。贺礼荣的儿子看见父母不敢行动，便抢过信件，直言：你们怕事，写上我的名字，万一出事，我还不满16岁，没问题。 最终，这封信顺利送到了邓小平手中，邓小平把信交给毛泽东，并建议为贺诚安排工作。毛泽东看到信后，感到非常惊讶，表示：

贺诚同志的问题，我在三年前已经批过，为何现在还要讨论？ 毛泽东认真阅读了信件，并作出新的批示： 奇文共欣赏，疑义相与析。贺诚无罪，当然应予分配工作。过去一切诬蔑不实之词，应予推倒。傅连暲已死，亟应予以昭雪。贺诚幸存，傅已入土，呜呼哀哉！

傅连暲与贺诚一样，是中国人民解放军医疗卫生事业的奠基人之一。然而，傅连暲在文革中含冤去世。毛泽东的批示中，透露出他对傅连暲和贺诚的深厚感情，也表达了对他们受到不公正对待的痛惜。 不久后，贺诚被任命为总后勤部第一副部长，开始了新的工作历程。